提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
成都开出首趟务工专列 600余名务工人员“拼车”赴粤返岗******
中新网成都2月1日电 (记者 王鹏)2月1日上午,成都开出新年首趟务工专列,600余名川籍务工人员分别从铁路成都东站、乐山站和宜宾西站出发,“拼车”前往广东省务工。
2月1日中午,列车员免费为务工人员发放午餐。 刘忠俊 摄当日一大早,来自成都金堂县的李世友和妻子踏上旅途。他们先乘坐免费大巴车来到成都东站,戴上大红围巾,收到特产礼盒,随后在铁路部门安排下坐上高铁。
“出去打工必须要有拼劲,不拼是不行的!”李世友告诉记者,夫妻二人在东莞一家鞋厂已工作十多年。虽接到通知3月1日才开工,但两人决定乘坐免费务工专列先到广东。“这一个月可以做点别的,勤劳就能赚到钱。”李世友说。
2月1日上午,务工人员在铁路成都东站排队进站。 刘忠俊 摄据铁路成都东站客运值班主任周艳介绍,这趟务工专列采取的是沿线接站、务工人员就近上车模式,遂宁和成都的旅客在成都东站上车;乐山、眉山的旅客在乐山站上车;宜宾、泸州旅客在宜宾西站上车,减少中转距离,方便旅客出行。
来自遂宁的刘桂华已在东莞虎门镇一家制衣厂工作八年。她说,以前每年返乡过年很开心,但复工工期临近,就担心抢不到火车票。如今她已连续几年乘坐务工专列,感受到了“家乡的温暖”。
据四川省农民工服务中心公共事务部部长刘帅介绍,为了做好务工人员的“集散成团”,成都、遂宁、乐山、眉山、宜宾、泸州人社部门按照区、县为单位,做好乘车返岗务工人员信息收集。针对零星出行人员不够申请专列的情况,积极与中国铁路成都局集团有限公司对接组建“拼团”专列,方便务工人员顺利返岗。
“我们四川是人口大省,也是劳务输出大省,外出务工的农村劳动力大概常年保持在2600万左右,占全国2.9亿农民工的近1/10。”四川省人力资源和社会保障厅相关负责人介绍,在此背景下,四川省委、省政府要求各相关部门把服务保障农民工作为重大的战略工程来推动。
四川省人力资源和社会保障厅提供的数据显示,2022年,四川省外出务工农民工近2630万人,实现劳务收入近6640亿元;农民工返乡创业累计近115万人,创业总产值累计近8197亿元。
记者了解到,2023年春运,为保障外出务工人员出行,中国铁路成都局集团有限公司根据各级地方政府和企业的务工复产安排,摸清务工人员返岗出行需求,制定运输方案,开行成都、重庆、宜宾、遵义等方向开往上海虹桥、温州、广州方向的“点对点、一站式”直达务工返岗专列24列,切实解决川渝黔地区外出务工人员的返程出行需求。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |